Улмаар 1941 оны 10-р сарын 20-нд Шинжлэх Ухааны Хүрээлэнгийн хэсэг эрдэмтэн судлаачид БНМАУ-ын нутаг дэвсгэр дэх түүх соёлын зарим дурсгалыг улсын хамгаалалтад авах санал, “Хуучин зүйлийг сахин хамгаалах тухай дүрэм”-ийн төсөл боловсруулан Улсын Бага Хуралд өргөснийг тус хурлын Тэргүүлэгчид 1941 оны 11-р сарын 13-ны өдрийн 79-р тогтоолоороо баталж, Чойжин ламын сүмийн Ямпай хаалга буюу Халх хаалгыг улсын хамгаалалтад авсан байна.
1960 оны 4-р сарын 11-д МАХН-ын Төв Хорооны Улс төрийн Товчооноос Чойжин ламын сүм, Богдын ногоон ордон буюу өдгөөгийн Богд хааны ордон музей, Гандантэгчинлэн хийд, Өндөр Жанрайсэг, Гэсэр сүм, чин ван Ханддоржийн өргөө зэрэг түүх соёлын дурсгалт газрыг улсын хамгаалалтад авч музей үзмэрийн газар байгуулах, сэргээн засварлах тухай 109 тоот тогтоол гаргасан юм.
Удалгүй 1961 оны 10-р сарын 09-ний өдөр БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 524 тоот тогтоол гаргаж, Чойжин ламын сүм, Богдын ногоон ордон зэргийг улсын нэгдүгээр зэргийн хамгаалалтад байх түүх-соёлын дурсгалт зүйлийн жагсаалтад оруулсан байна.
Тэрхүү музей болсон 1938 оноос 1961 он хүртэл тус музейг зөвхөн гадаадын томоохон зочдод төлөөлөгчдөд үйлчилдэг “Хаалттай музей” байсан бөгөөд 1961 онд 900 000 гаруй төсөв бүхий сэргээн засварлалтын ажлыг хийсний дараахнаас олон нийтэд нээлттэй үйлчлэх музей болжээ.
Чойжин ламын сүм музей нь 1968 он хүртэл Шинжлэх Ухааны Хүрээлэн буюу Шинжлэх Ухааны Академи, 1968 оноос Соёлын Яамны Музей Удирдах Газрын харьяанд ажиллаж байгаад 1990 оны 5 дугаар сарын 1-нд Музей Удирдах Газрыг татан буулгаж, музейнүүдийг түүх хувьсгал, түүх, түүх угсаатны зүй, байгалийн болон урлагийн хэмээн төрөлжүүлэн зохион байгуулахад Богд хааны ордон, Чойжин ламын сүм, Эрдэнэ зуу, Амарбаясгалант музейнүүд болон Жанрайсэгийн дуганыг Улс төв музейн мэдэлд шилжүүлсэн байна.